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TOOLBOX / 常用站点
Research Tools
一些反复打开的站点,每条都注明了用它做什么,总有用的上的时候。
序列与比对
- NCBI BLAST ↗
同源序列检索,确认片段身份的第一道关。
- Ensembl BioMart ↗
批量拉取基因、转录本与注释,比网页点选省事。
- SMART结构域预测 ↗
输入氨基酸序列,输出结构域预测
- Intrans Bf ↗
文昌鱼转录本数据库
- ZFIN ↗
斑马鱼数据库
- Alpha Fold ↗
蛋白质结构预测
系统发育
- IQ-TREE / ModelFinder ↗
最大似然建树,模型选择交给 ModelFinder 自动搜。
- FigTree ↗
树的可视化与注释,正式出图前的最后一站。
- TimeTree ↗
已发表分歧时间的快速参照,用来做数量级核查。
荧光蛋白与荧光基团
- FP Base ↗
全称fluorescent protein base,关于荧光蛋白的一切信息都收录在这里
- AAT Fluorescence Spectrum Viewer ↗
荧光分子有效激发波长查询及效率计算站点-1
- Thermo Fluorescence SpectraViewer ↗
荧光分子有效激发波长查询及效率计算站点-2
图像处理
- Fiji/ImageJ ↗
可以说是最强大的开源科研图像处理软件。
各种计算器
- NEB Bio calculator ↗
NEB官网内嵌的计算器,满足几乎所有湿实验计算需求
- DNA序列转换成氨基酸序列 ↗
输入DNA序列输出氨基酸序列
- 浓度稀释计算器 ↗
稀释溶液的时候点一下这里就好了
友情站点
- Actias China ↗
一册持续生长的私人自然志。它收集林间的观察、季节的线索, 以及中国 Actias 属物种在月色中留下的短暂身影